Hydroxyl

io.github.trebeljahrv0.1.0更新于 Oct 8, 2026

Local stdio MCP server: publication figures, structure checks and conversions for AI assistants

已验证STDIO仅桌面Developer ToolsData & AnalyticsMedia & Design

概览

AI 生成的概览

让助手把化学结构渲染为期刊插图、检查其价键与绘图问题，并在格式之间转换。

功能
一个本地 stdio MCP 服务器，提供五个处理化学结构的工具。render_figure 按单栏、双栏或自定义宽度以 PNG 或 SVG 绘制结构图，并给出印刷尺寸、标签尺寸以及小于 8 pt 文字的警告。check_structure 返回编辑器标记的价键与绘图问题及一键修复；describe 返回分子式、分子量、精确质量、净电荷和 CIP 标记；convert 返回 molfile 或规范 SMILES；editor_link 返回可在编辑器中打开该结构的链接。结构可用 SMILES、molfile 或化合物名称（如 caffeine）给出。
适用场景
适合助手处理化学相关工作的场景：制作期刊插图、在使用前检查结构，或在 SMILES、molfile 与名称之间转换。适用于可启动本地 stdio 服务器的桌面客户端。
运行要求
通过 stdio 在本地运行，不发起网络请求。需要 Node.js 22 或更高版本，因为 npx 会从 npm 获取 hydroxyl-mcp 包。需在 MCP 客户端配置中加入相应命令与参数。可选环境变量 HYDROXYL_EDITOR_URL 用于更改 editor_link 指向的编辑器，默认指向托管编辑器。
安装前请注意
你发送的结构会传给你的助手服务商，而不会传给该服务器的作者。editor_link 默认生成指向托管编辑器的链接，将 HYDROXYL_EDITOR_URL 设为本地或自托管编辑器可避免把结构发送到该处。这些工具只做渲染、检查、描述和转换，不会写入或删除数据。

安装

在 SourceWeft 中

  1. 打开 控制台中的 Hydroxyl，将其添加到工作区。
  2. 为需要使用其工具的对话启用该服务。

Desktop only，通过 STDIO。 STDIO 服务会启动本地进程，因此需要 SourceWeft 桌面宿主。

其他 MCP 客户端

参照 仓库 中的启动说明。

README

hydroxyl-mcp

hydroxyl-mcp is a local Model Context Protocol server. An assistant such as Claude Desktop can use it to draw a structure as a journal figure, check it, and convert it. It runs on your machine over stdio and makes no network calls. Structures you send go to your assistant's provider, never to us.

It has five tools:

ToolInputOutput
render_figurea structure; views; width (single, double or cm); png or svgthe figure, its printed size, its label size, and a warning for text under 8 pt
check_structurea structurethe valence and drawing issues the editor flags, each with its one-click fixes
describea structureformula, molecular weight, exact mass, net charge, CIP labels
converta structurea molfile or a canonical SMILES
editor_linka structurea link that opens the structure in the editor

A structure is one of smiles, molfile, or name (a compound from the editor's insert box, such as caffeine).

Add it to your MCP client; npx fetches the hydroxyl-mcp package from npm (Node.js 22 or newer). For Claude Desktop, edit claude_desktop_config.json (Settings → Developer → Edit Config) and restart the app:

json
{  "mcpServers": {    "hydroxyl": {      "command": "npx",      "args": ["-y", "hydroxyl-mcp"]    }  }}

Other clients that start stdio servers take the same command and arguments. For Claude Code:

bash
claude mcp add hydroxyl -- npx -y hydroxyl-mcp

editor_link points at https://hydroxyl.app/editor/. Set HYDROXYL_EDITOR_URL in the server's environment to link to a local or self-hosted editor instead.

The editor itself is at hydroxyl.app; source at github.com/trebeljahr/hydroxyl.app.

Licence

MIT. The package depends on RDKit (BSD-3-Clause) and resvg-wasm (MPL-2.0), and ships the Arimo font (OFL-1.1, text in dist/arimo-OFL.txt).

来源：packages/mcp/README.md，提交 fd03a92

工具

0
工具元数据尚未被收录。

版本历史

1
  1. v0.1.0最新Oct 8, 2026