Tomesphere

com.tomesphere由 tomesphere.com 發布官方發布者v0.1.0更新於 Oct 24, 2026

Search 8.5M scientific papers with LLM TLDRs, citations, linked entities, figures, and full text.

已驗證Streamable HTTP可網頁執行知識與記憶AI 與機器學習

概覽

AI 產生的概覽

Tomesphere 是遠端 MCP 伺服器,讓助理檢索 850 萬篇學術論文,並取得其詮釋資料、引用關係、全文、圖表與關聯的生物醫學實體。

可以做什麼
依主題、關鍵字、作者或關聯的基因、蛋白質、疾病實體檢索論文,每筆結果含標題、TLDR 與連結。取得論文完整詮釋資料,包括作者、摘要、TLDR、關鍵發現、引用次數、程式碼與模型連結及同儕審查。瀏覽引用網路:引用該論文的文獻、該論文引用的文獻,以及語意相似的論文。以 Markdown 形式取得論文正文全文,用於摘要無法回答的問題。取得附標籤與說明的圖表影像,以及基因、疾病、突變、臨床試驗編號等生物醫學實體。將基因或蛋白質名稱解析為 UniProt 編號與三維結構模型。
適用情境
適合文獻回顧、尋找相關工作或後續研究,以及需要論文方法或結果而非摘要的深入問題。也適合將論文與基因、疾病和蛋白質結構連結起來的生物醫學研究。
執行需求
透過 streamable HTTP 存取的遠端 MCP 端點;未宣告套件、環境變數或標頭。需要能存取該端點的網路。
安裝前請注意
說明指出 2024 年及之後的引用涵蓋較稀疏,索引仍在進行,近期影響力可能被低估。圖表涵蓋不一:多數生物醫學論文有圖,arXiv 論文常常沒有。未宣告身分驗證,請勿傳送機密資料。

安裝

在 SourceWeft 中

  1. 開啟 儀表板中的 Tomesphere,將其新增到工作區。
  2. 為需要使用其工具的對話啟用該服務。

Web executable,透過 Streamable HTTP。 遠端服務在工作區中設定後即可從網頁執行環境執行。

交給代理程式安裝

把這段提示詞貼上到 Claude Code、Codex、Cursor 等代理程式,或 SourceWeft 對話中。代理程式會讀取該伺服器的安裝指南,先向你展示發布者、端點和登入方式,經你同意後再把它新增到你的客戶端。金鑰不會寫進任何命令。

閱讀 https://sourceweft.com/mcp/com.tomesphere%2Ftomesphere/install.md,並按其中說明把這個 MCP 伺服器接入我的客戶端。修改任何設定之前,先告訴我它的發布者、端點和登入方式,等我確認。不要把 API 金鑰寫進命令或我會提交的檔案;問我金鑰應從哪裡取得。

檢視代理程式所依據的安裝指南

其他 MCP 客戶端

把它新增到你客戶端的 mcpServers 設定中。

{
  "mcpServers": {
    "tomesphere": {
      "type": "http",
      "url": "https://mcp.tomesphere.com/api/mcp"
    }
  }
}

工具

9

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Search papers

Search 8.5 million academic papers (arXiv + biomedical: PMC / bioRxiv / medRxiv, all disciplines) by topic, keyword, author, or linked entity (gene / protein / disease). Each hit returns id, title, TLDR, type, and links. Use to find papers about a topic, e.g. 'transformer efficiency' or 'CRISPR base editing'.

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Get paper

Fetch a paper's full metadata: title, authors, year, abstract, TLDR (LLM-generated), key findings, citation count, GitHub repos, HuggingFace models/datasets, videos, peer reviews, and links. Accepts an arXiv ID (e.g. '2401.12345' or '1706.03762v5') or an OpenAlex Work ID (e.g. 'W4390723197'). Use when the user names a specific paper or pastes an arXiv link.

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Similar papers

Find papers semantically similar to a given paper using SPECTER2 embeddings (trained on scientific-citation triplets). Returns nearest neighbors with TLDR. Use when the user wants 'papers like X' or 'what's adjacent to this work'.

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Citing papers

Get papers that cite the given paper (who refers to this work). Use when the user asks 'who cites X', 'what's the impact', or wants follow-up work. Note: 2024+ citation coverage is sparse; indexing in progress.

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references

References

Get the papers that this paper cites (its bibliography). Use when the user asks 'what does X cite' or 'show me the references'.

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Get full text

Fetch a paper's full body text as Markdown (methods, results, protocols, inline tables) — use for deep questions the abstract can't answer. Accepts an arXiv ID (2401.12345), a PMC ID (PMC5339222), or a bioRxiv/medRxiv DOI (10.1101/…).

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Get figures

Get a paper's real figure images — URLs, labels, and captions. Most biomedical papers have figures; arXiv papers often don't. Accepts an arXiv ID, PMC ID, or bioRxiv/medRxiv DOI.

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Get linked entities

Get the biomedical entities linked to a paper: genes, proteins, chemicals, diseases, species, mutations, cell lines, and clinical-trial (NCT) IDs. Accepts an arXiv ID, PMC ID, or bioRxiv/medRxiv DOI.

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Get 3D structure

Resolve a gene/protein name (e.g. 'TP53', 'CD44') or UniProt accession to its 3D structure — returns the UniProt accession + AlphaFold model URL (and PDB when available). Great for a gene named in a paper's entities.

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版本歷史

1
  1. v0.1.0最新Sep 16, 2026

評分

已滿足適用檢查項的 83%

該評分衡量此收錄條目的完整程度,依據註冊中心條目、端點與公開來源計算得出。它不是對伺服器本身的評價,也不表示伺服器安全或目前可用:可連通性是帶日期的檢查結果,評分也不包含安裝量或使用者評價。

  • 近 30 天內可連通必需25 分
  • 已宣告認證方式必需10 分
  • 已列出工具必需15 分
  • 描述必需15 分
  • 圖示10 分
  • 文件15 分

    請宣告包含 README 的 GitHub 儲存庫,或在 OAuth 受保護資源後設資料中提供 resource_documentation。

  • 授權條款不適用

    託管服務按其提供方的條款使用,因此這裡不要求授權條款。此檢查項不計入百分比。