Hydroxyl

io.github.trebeljahrv0.1.0更新於 Oct 8, 2026

Local stdio MCP server: publication figures, structure checks and conversions for AI assistants

已驗證STDIO僅桌面Developer ToolsData & AnalyticsMedia & Design

概覽

AI 產生的概覽

讓助理把化學結構渲染成期刊插圖、檢查其價鍵與繪圖問題，並在格式之間轉換。

功能
一個本機 stdio MCP 伺服器，提供五個處理化學結構的工具。render_figure 依單欄、雙欄或自訂寬度以 PNG 或 SVG 繪製結構圖，並回報印刷尺寸、標籤尺寸以及小於 8 pt 文字的警告。check_structure 回傳編輯器標記的價鍵與繪圖問題及一鍵修正；describe 回傳分子式、分子量、精確質量、淨電荷與 CIP 標記；convert 回傳 molfile 或標準 SMILES；editor_link 回傳可在編輯器中開啟該結構的連結。結構可用 SMILES、molfile 或化合物名稱（例如 caffeine）提供。
適用情境
適合助理處理化學相關工作的情境：製作期刊插圖、在使用前檢查結構，或在 SMILES、molfile 與名稱之間轉換。適用於可啟動本機 stdio 伺服器的桌面用戶端。
執行需求
透過 stdio 在本機執行，不發出網路請求。需要 Node.js 22 或更新版本，因為 npx 會從 npm 取得 hydroxyl-mcp 套件。需在 MCP 用戶端設定中加入對應指令與參數。選用環境變數 HYDROXYL_EDITOR_URL 可變更 editor_link 指向的編輯器，預設指向託管編輯器。
安裝前請注意
你送出的結構會傳給你的助理供應商，不會傳給該伺服器的作者。editor_link 預設產生指向託管編輯器的連結，將 HYDROXYL_EDITOR_URL 設為本機或自架編輯器可避免把結構送到該處。這些工具只做渲染、檢查、描述與轉換，不會寫入或刪除資料。

安裝

在 SourceWeft 中

  1. 開啟 儀表板中的 Hydroxyl，將其新增到工作區。
  2. 為需要使用其工具的對話啟用該服務。

Desktop only，透過 STDIO。 STDIO 服務會啟動本機處理程序，因此需要 SourceWeft 桌面主機。

其他 MCP 客戶端

參照 儲存庫 中的啟動說明。

README

hydroxyl-mcp

hydroxyl-mcp is a local Model Context Protocol server. An assistant such as Claude Desktop can use it to draw a structure as a journal figure, check it, and convert it. It runs on your machine over stdio and makes no network calls. Structures you send go to your assistant's provider, never to us.

It has five tools:

ToolInputOutput
render_figurea structure; views; width (single, double or cm); png or svgthe figure, its printed size, its label size, and a warning for text under 8 pt
check_structurea structurethe valence and drawing issues the editor flags, each with its one-click fixes
describea structureformula, molecular weight, exact mass, net charge, CIP labels
converta structurea molfile or a canonical SMILES
editor_linka structurea link that opens the structure in the editor

A structure is one of smiles, molfile, or name (a compound from the editor's insert box, such as caffeine).

Add it to your MCP client; npx fetches the hydroxyl-mcp package from npm (Node.js 22 or newer). For Claude Desktop, edit claude_desktop_config.json (Settings → Developer → Edit Config) and restart the app:

json
{  "mcpServers": {    "hydroxyl": {      "command": "npx",      "args": ["-y", "hydroxyl-mcp"]    }  }}

Other clients that start stdio servers take the same command and arguments. For Claude Code:

bash
claude mcp add hydroxyl -- npx -y hydroxyl-mcp

editor_link points at https://hydroxyl.app/editor/. Set HYDROXYL_EDITOR_URL in the server's environment to link to a local or self-hosted editor instead.

The editor itself is at hydroxyl.app; source at github.com/trebeljahr/hydroxyl.app.

Licence

MIT. The package depends on RDKit (BSD-3-Clause) and resvg-wasm (MPL-2.0), and ships the Arimo font (OFL-1.1, text in dist/arimo-OFL.txt).

來源：packages/mcp/README.md，提交 fd03a92

工具

0
工具後設資料尚未被收錄。

版本歷史

1
  1. v0.1.0最新Oct 8, 2026