Oliver's mTOR Atlas

io.github.open-mtor-atlasv1.0.0更新於 Oct 1, 2026

Evidence-labelled mTOR research: studies, entities, pathway claims, contradictions, open questions.

已驗證STDIO僅桌面Data & AnalyticsKnowledge & Memory

概覽

AI 產生的概覽

以唯讀方式存取一份經過整理的 mTOR 研究圖譜，涵蓋研究、實體、路徑關係、矛盾證據與開放問題。

功能
透過唯讀工具提供 Oliver 的 mTOR 圖譜：atlas_about 回傳資料集版本、語料快照、計數與引用方式；search_studies 與 get_study 檢索並查看依證據類型標註的研究；search_entities 與 get_entity 查詢基因、複合物、藥物、疾病與過程；find_relations 與 get_relation 提供帶有機制、邊界條件與信心度的路徑主張。evidence_between 回傳某項主張的支持與衝突研究，find_contradictions 列出有爭議的主張，list_questions 與 get_question 呈現開放的證據缺口。每筆紀錄都附有證據代碼，說明研究類型而非品質。
適用情境
適合需要以可追溯、附證據標註的來源回答 mTOR 生物學問題、比較支持與衝突結論，或尋找開放研究問題的情境。它面向文獻與路徑研究，而非一般網路搜尋。
執行需求
可作為遠端端點執行，也可透過 npm 套件 mtor-atlas-mcp 在本機執行（需要 Node.js 與 npx）。不需要金鑰或帳號。選用環境變數 ATLAS_API_BASE 可指向 API 的其他副本，例如本機建置，預設使用公開的 Atlas API。存取遠端 API 需要網路連線。
安裝前請注意
唯讀：不會寫入、傳送或刪除資料。證據代碼描述研究類型而非品質；圖譜中查不到某項結果，只表示它不在這份經過整理的語料中，並不代表該關係未知。資料採用 CC BY 4.0，程式碼為 MIT，重複使用前請確認引用要求。

安裝

在 SourceWeft 中

  1. 開啟 儀表板中的 Oliver's mTOR Atlas，將其新增到工作區。
  2. 為需要使用其工具的對話啟用該服務。

Desktop only，透過 STDIO。 STDIO 服務會啟動本機處理程序，因此需要 SourceWeft 桌面主機。

其他 MCP 客戶端

參照 儲存庫 中的啟動說明。

README

mTOR Atlas MCP server

Read-only access to Oliver's mTOR Atlas for AI assistants that speak the Model Context Protocol: curated mTOR studies labelled by the kind of study behind them, entities (genes, complexes, drugs, diseases, processes), signed pathway relations with their supporting and conflicting evidence, and the Atlas's open questions.

The server reads the Atlas's public static API (https://mtor-atlas.org/api/v1/, documented at mtor-atlas.org/api). No key, no account. Data is CC BY 4.0.

Install

Claude Desktop, Claude Code, Cursor and other MCP clients:

json
{  "mcpServers": {    "mtor-atlas": { "command": "npx", "args": ["-y", "mtor-atlas-mcp"] }  }}

Claude Code: claude mcp add mtor-atlas -- npx -y mtor-atlas-mcp

Tools

ToolWhat it answers
atlas_aboutDataset version, corpus snapshot, counts, evidence codes, how to cite
search_studiesStudies by keywords, evidence code, linked entity, year
get_studyOne study with its entities, relations and open questions
search_entities / get_entityGenes, drugs, diseases… with their studies and relations
find_relations / get_relationPathway claims ("Rheb activates mTORC1") with mechanism, boundary conditions and confidence
evidence_between"What is the evidence that A acts on B?" with both supporting and conflicting studies
find_contradictionsContested claims, with both sides of the evidence
list_questions / get_questionOpen evidence gaps and testable hypotheses

Reading the evidence codes

S synthesis of human data · H human study · A animal model · M molecular / in vitro · R review · PP preprint · RT registered trial. The code describes the kind of study, not its quality. Every record the server returns repeats this, so a code never travels without its meaning.

"Not in the Atlas" means not in this curated corpus. It does not mean the relationship is unknown.

Cite

Barton O. Oliver's mTOR Atlas. doi:10.5281/zenodo.22059963. Give the dataset_version and corpus_snapshot returned by atlas_about.

Configuration

ATLAS_API_BASE (optional) points the server at another copy of the API, for example a local build: ATLAS_API_BASE=/path/to/dist/api/v1.

Code: MIT. Data: CC BY 4.0.

來源：mcp/README.md，提交 e61f726

工具

0
工具後設資料尚未被收錄。

版本歷史

2
  1. v1.2.0Oct 1, 2026
  2. v1.0.0最新Oct 1, 2026